Los que pasa es que solo has borrado los scripts de gatillo (las "S" en AM). Esos no son los únicos scripts que hay. Existen otro tipo, llamados scripts de nivel, que se encuentran en el cabezal del mapa.
Si quieres borrarlos abre tu rom com el AM y vete a donde dice cabezal, ahí busca la parte de map script y le das a remove para borrar los scripts de nivel que hayan en el mapa.