Descargate el pack de herramientas para empezar, el resto se encuentra casi todo buscando tutoriales en el foro...
Para insertar sprites con advance series...
http://wahackforo.com/t-Insertar-Sprites-su-Posicion-y-mini-sprites-Con-diego256-Tutorial-Advance-Series
Para hacer fakemon solo se necesita paint y una computadora. leete este tutorial
http://wahackforo.com/t-como-crear-un-buen-fakemon
Uno mas detallado:
http://wahackforo.com/archive/index.php/thread-838.html
Uno maas detallado:
http://wahackforo.com/t-Tutorial-C%C3%B3mo-hacer-un-fake
Para cambiar mapas solo debe usar una herramienta llamada advance map
Para cambiar los trainer se usa el unlz GBA
No hay herramienta universal. Lee tutoriales o pon un tema en dudas por cada duda en particular...