ya he entendido
mira el problema es que al cambiar el color del suelo.. cambia en todo en el tileset, el arbol se ve asi ya que el tile de este tiene unos de los colores que has cambiado en el tile de suelo... asi que si no quieres que pase eso... inserta el suelo y los colores de este en otra paleta.. o siemplemente estate ciudadoso de los colores que cambias ya que afectan a todo el tileset...
at..YO