Ya casi tienes terminado tu hack y no sabes cambiar paletas? xD

Ok, dejémonos de bromas, para editar las paletas de LOS POKÉMON, puedes utilizar UNLZ, es un programa para editar Gráficos, los Sprites de los Pokémon incluídos. Lo que puedes hacer es importar un Sprite con la paleta que quieres y activar la casilla para importar la paleta.

Si de verdad quieres hacerlo con APE, porque no cambias los Sprites, sino solo las paletas (que la verdad no entiendo por qué hacerlo así) entonces puedes mirar estos tutoriales:

http://wahackforo.com/t-Como-editar-cualquier-paleta
http://wahackforo.com/t-Como-buscar-Paletas-con-HxD