Mira, para cambiar sprites de pokemon usa el pack de advance series. El pack contiene 3 programas: unos para cambiar los sprites, otro para cambiar los iconos del pokemon y otro para la posicion del pokemon en el modo combate. Podras encontrar el pack en el foro y tambien hay tutoriales, aunque es muy sencillo de usar. Con esto se acabará tu problema de la paleta. ¡Espero haberte ayudado!