Bueno, cuando recién empezé, las que se usaban eran:

ESM (Easy Script Maker) - Apenas e intenté usarlo dos veces jaja

El XSE recién salia y no había muchos tutoriales.

A-Map 1.90, si no mal recuerdo.

Herramientas que venían con el EliteMap (Al EM nunca aprendí a usarlo :S)

El Unlz-GBA, y el TilED
y el RS-Ball :P
El YAPE tambien estaba por ahí jaja :)