1 -

Son equivalentes que el juego utiliza para "nombrar" a cada mapa. No es que exista una tabla o algo que relacione nombre con identificador, es solo que a lo que nosotros llamamos Olivine Pokecenter el lo reconoce como 0x01 0x01. El olivine pokecenter se distingue del ecruteak gym debido a los bloques utilizados para formar el mapa, el tamaño del mapa, los eventos etc., no debido a una tabla que relacione la forma en la que tu llamas al mapa con la forma que el juego reconoce dicho mapa.

2 -

Añadir un nuevo mapa supondria añadir una nueva entrada en los map headers y secondary map headers. Lo mas sencillo sería sobreescribir alguno de los mapas beta existentes como puede ser safari zone, aunque si piensas añadir muchos mapas entonces eso ya no será posible para todos ellos. Pero en realidad da igual que un mapa pertenezca a un grupo y a otro siempre y cuando lo identifiques correctamente.

3 - Si

4 -

FishGroup1_Good:
db $59, MAGIKARP, 20
db $b2, KRABBY, 20
db $e6, KRABBY, 20
db $ff, $0, 0

Primer caso: [Pokemon] = Magikarp
Entonces [%][Pokemon][Nivel]

Cuarto caso: [Pokemon] = $0 (= 0x00)
Entonces [%][0x00 (obviamente, ya que este byte es la condición señalada arriba)][Nº entrada TimeFishGroups]

En este caso la entrada tiene el valor 0, lo cual significa:
; 0
db CORSOLA, 20 ; nite (Noche: Corsola lv 20)
db STARYU, 20 ; day (Dia: Staryu lv 20)