-El Origen De Los Guardianes:

[7000 años atrás de la parte jugable de la historia]
Inicialmente la tierra era poblada solo por los humanos, pero un día en una región remota [actualmente la región lithium] caracterizado por tener una gran inestabilidad debido a volcanes, la erupción de un volcán fue tan extrema que causo una ruptura entre dimensiones abriendo paso a los Pokemón hacia la tierra, ambas especies Pokemón y humanos por naturaleza eran violentas y esto conllevo a una guerra devastadora que tardo varios años.
Tras estos eventos, aparecieron 5 Pokemón de la nada (Ho oh, Dialga, Lugia, Giratina y Darkray) pero a diferencia de los otros tenían la habilidad de comunicarse con los humanos y designaron a una familia para formar una alianza entre humanos y Pokemón y llegar a la paz. Los 5 Pokemón fueron conocidos como Pokemón legendarios y la familia como guardianes Pokemón, se estableció conservar la paz y armonía entre Pokemón y humanos y desde aquel día, cada vez que el equilibrio se rompía los Pokemón legendarios y los guardianes Pokemón acudían a cumplir su deber, para conservar la paz.

-El Equipo Dark:

[20 años atrás de la parte jugable de la historia]
Años atrás en la región lithium surgió un equipo bajo el nombre Dark, su objetivo era crear una especie de Pokemón superior a todas las conocidas, pero su intención era crearlo para matar y cometer fechorías, en el intento de llevar a cabo su plan dejaron muchas víctimas, pero se encontraron con alguien que los detendría era *[padre del prota] junto a su Pokemón Legendario Darkray , el equipo Dark requería una gran fuente de energía para lograr finalizar su plan y que mejor que el gigantesco volcán de la región, *Blythe lucho solo contra el equipo Dark, la batalla causo que el suelo del volcán se rompiera y todos Blythe y el quipo Dark junto a su malvado experimento cayeron y desaparecieron en la ardiente lava [esto explica porque en Pkm Dark Forest solo aparecerán 4 Pokemón legendarios].

-Los Experimentos Fallidos

[17 años atrás de la parte jugable de la historia]
El profesor Mick junto a su mejor amigo Thompson encuentran algunos archivos sobre los experimentos realizados por el equipo Dark para crear una súper especie Pokemón, tras leer detenidamente los archivos encuentran los experimentos no son del todo malos.
Descubren posibilidades de alterar el ADN de los Pokemón para logar clonaciones, cambios de tipo, fusiones, entre otros. En los documentos ven la advertencia de que al hacer esto como resultado los Pokemón se vuelven extremadamente violentos y incontrolables.
Inician los experimentos creyendo que n tendrán ningún problema, tras meses de trabajo obtienen su primer resultado un tras mesclar un charmeleon con un Flareon, pero este Pokemón ataca y hiere a varias personas presentes en el laboratorio, intenta escapar y la única forma de detenerlo es causarle la muerte, tras este suceso se decide abandonar el proyecto y olvidarlo por completo.

-El Pasado Del Prota [Complemento Historia]

[5 años atrás de la parte jugable de la historia]
5 años atrás el profesor Mick te regalo Growlithe, lo cuidas y entrenas y se vuelven muy buenos amigos, un día tras un duro entrenamiento tu Pokemón está débil, y decides ir a comprar una poción, al regresar a casa un ladrón esta asaltando la casa, con el Android de un amigo llamas a la policía, al llegar la policía rodean la casa y el ladrón actuando bajo la presión toma rehenes y cruelmente asesina a tu Growlithe ante tus ojos, esto deja marcada tu mente y juras jamás volver a involucrarte en algo que tenga que ver con Pokemon.

- El Equipo Apocalipsis [Complemento Historia]

[7 meses antes de la parte jugable de la historia]
El profesor Thompson retoma las investigaciones sobre modificación de Pokemóns, creyendo que con la nueva tecnología de hoy en día habría menos riesgos de fallar en los experimentos, pero estaba cometiendo una grave equivocación, tras varias semanas de trabajar en los experimentos empieza a ver que los resultados van a ser los mismos y inicia a destruir todo lo relacionado con los experimentos…
Un equipo que se hace llamar el equipo por rumores se entera de los experimentos y obliga al profesor Thompson a continuarlos, y como resultado obtienen una criatura extremadamente terrorífica y que traerla a este mundo sería un gran error, pero se dan cuenta de que la criatura no tienes fuerzas suficientes para cobrar vida y junto algunos Pokemón modificados inician a buscar lo que les de tal energía, en medio de su búsqueda crean caos y destrucción, ¿podrán ser detenidos antes de que logren culminar su plan?