Hola, si quieres puedes dejarlos y no borrarlos. Sobre evaluar la pokédex, Rafa posteo un script que izo el sobre eso. Si alguna vez has usado aunque sea un poco algun lenguaje de programacion, sabras como modificar el codigo un poco y eliminar las partes que no te interesen (aunque no sepas nada de RGSS).

Link: http://wahackforo.com/t-rpgxp-script-evaluacion-de-la-pokedex

Si no, la otra opcion, es que los elimines, de eso yo ya no se.