Esta historia se desarrolla en la pintoresca region de Teselia, conocida region por sus hermosos paisajes y su alto desarrollo urbano, ademas de ser el centro de comercio portuario mas importante del mundo.

Bien, todo empieza en Pueblo Arcilla, pequeño pueblito al sur de Teselia, hogar de la conocida Profesora Juniper, que ha. logrado desarrollar la enciclopedia electronica para la región, mejor conocida como Pokedex, para ello requiere de la ayuda de un grupo de tres chicos y amigos de la infancia, Bianca, Cheren y [Player], y para que pudiesen empezar su aventura. les regala a cada uno un Pokemon, dejandoles en casa de [Player] una caja de regalo con tres Pokemon para ellos.

Tras escoger tu Pokemon inicial los tres chicos iniciaran una pequeña batalla en tu habitacion, que al terminar dejan un completo desorden en tu habitacion.

Tras la pequeña batalla los tres deberan ir al laboratorio de la Prof. Encina, pero antes de llegar debes de convencer al estricto padre de Bianca, que se niega dejar a Bianca iniciar su viaje, pero al final Cheren y tu lo logran convencer.

Tras eso llegan al laboratorio, donde la Profesora les entregará la Pokedex y les explicara todo lo necesario para que los tres inicien su viaje.

Asi es como los tres toman su propio camino para completar la Pokedex, en el cual te enfrentarás ante los poderosos líderes de gimnasio de la región, pero no sera nada fácil, en tu camino encontraras varios entrenadores y personas que seran duros de vencer.

Conforme avances en tu aventuras conoceras a dos grupos de villanos, conocidos como Team Plasma, uno de ellos es conocido como el Team Plasma Blanco, loa cuales usan unifomes parecidos a soldados Medievales, y son liderados por siete misteriosos sabios, y un enigmatico chico de cabello verde un hippie que encontraras por toda tu aventura, el cual cree que tener a los Pokemon encerrados en Pokeballs y usados enjp batallas es antimoral, y trata de convencer a toda la región que deben liberar a sus Pokemon, ademas de planear controlar a los místicos dragones de la verdad y los ideales para separar a los Pokemon y humanos para asi crear dos mundos aislados.

Del otro lado esta otro grupo conocido como Team Plasma Negro, los cuales son todo lo contrario al Team Plasma Blanco; Ellos usan trajes completamente negros, ademas de poseer una alta tecnología y una vision futurista, son liderados por un misterioso científico que ha desarrollado una pequeña maquina que puede explotar y controlar el poder de cualquier Pokemon, con la cual planea controlar el poder del Dragon del Balance y el hielo, Kyurem.

Ahora tu con ayuda de tus amigos tendrán que detener los planes malignos de ambos grupos criminales y salvar a la región de Teselia de la furia de los dragones legendarios