Esta historia empezará en Sinnoh, 10 años antes de los sucesos de Pokemon Diamante/Perla.

En Sinnoh, una serie de sucesos extraños empiezan a surgir, como la desaparición de algunos Pokémon de las granjas sin dejar rastro alguno, algunas ráfagas de viento helado que surgen de la nada, entre otras cosas, algunos investigadores concuerdan que el orígen de los extraños sucesos esta ligado a las milenarias Ruinas Caelestis,

En Pueblo Caelestis, una chica llamada Cynthia está totalmente dispuesta a resolver el misterio que rodea los extraño sucesos y las Ruinas Caelestis, además convertirse en la primer campeona del mundo, llevándola a un viaje por toda la región, pero no todo es fácil, pues en su camino debe enfrentarse a una gran cantidad de entrenadores y rivales poderosos. Mas en su camino se enfrentará a una compañía multimillonaria que busca lucrar con los sucesos para atraer turistas y ganar más dinero, creando mitos falsos, y es por ello que quieren evitar que Cynthia descubra y revele los secretos, ya que eso significaría que perderían su negocio.